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目的以18SrRNA基因为分子标记对分离自我国人和牛，以及澳大利亚和美国不同宿主来源微小隐孢子虫的系统发育进行探讨。方法用PCR扩增我国两个虫株的18SrRNA基因片段并进行序列测定，与登录于GenBank的澳、美两国虫株的相应序列进行比对。用NJ法构建分子系统树进行系统发育分析。结果分离自我国的小牛虫株（JLC）与GenBank中3个牛源虫株（澳大利亚的C1，美国的UCP和AUCP-1）亲缘关系近，位于系统发育树的同一枝；分离自我国的人源虫株（JSH）与澳大利亚鼠源虫株（M24）同源，共同位于系统发育树