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为了更好地了解牡丹峰自然保护区的鸟类资源,保护和维持生态平衡,2005年7月至2008年2月对牡丹峰自然保护区鸟类资源进行了调查。共记录到鸟类14目30科93种。占全国鸟类总数的7.86%,其中留鸟18种,夏候鸟56种,冬候鸟4种,旅鸟12种,偶见种3种,分别占总数19.4%、60.2%、4.3%、12.9%和3.23%。