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随着生物技术越来越多的介入到燃料乙醇的生产中，联合生物工艺（consolidated biopricessing）—CBP，因其可将纤维酶生产、纤维素水解和酒精发酵融合于一步工艺中完成，更是成为其中的亮点。为使联合生物工艺成为可能，以两种途径对所需微生物进行改造：一种是天然纤维降解微生物改造途径，将天然存在的可降解纤维素的微生物，尤其是厌氧微生物进行改造，以使其适应CBP生产的要求；另一种是重组途径，通过基因重组的方式将不能降解纤维的微生物获得降解纤维素的能力，并且生产的产品性质符合CBP的要求。两种途径