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真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一，其基础是认识DNA上转录因子结合位点（模体）及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计，利用z—score统计量抽提出过表达和低表达的模体，其中95％的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对，通过与背景序列比较，找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对，这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能，其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体