【摘 要】
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[目的]研究致病性大肠杆菌携带原噬菌体的比例、原噬菌体携带毒力基因及耐药基因的情况,了解致病性大肠杆菌中原噬菌体对菌株的耐药性与毒力的影响,保证噬菌体生产菌的生物安全性,为大肠杆菌噬菌体的基础研究与应用提供借鉴.[方法]从NCBI中下载大肠杆菌全基因组信息,通过在线网站预测大肠杆菌中携带的原噬菌体数目,并分析原噬菌体的GC含量、基因组大小、占细菌基因组比例等基因组特征及完整型原噬菌体的类型,对原噬菌体做初步分类,统计分析完整型原噬菌体中携带耐药基因数目、耐药表型、耐药机制与毒力基因数目、毒力基因家族分布等
【机 构】
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聊城大学农学院,聊城252059;山东信得科技股份有限公司,青岛266000
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[目的]研究致病性大肠杆菌携带原噬菌体的比例、原噬菌体携带毒力基因及耐药基因的情况,了解致病性大肠杆菌中原噬菌体对菌株的耐药性与毒力的影响,保证噬菌体生产菌的生物安全性,为大肠杆菌噬菌体的基础研究与应用提供借鉴.[方法]从NCBI中下载大肠杆菌全基因组信息,通过在线网站预测大肠杆菌中携带的原噬菌体数目,并分析原噬菌体的GC含量、基因组大小、占细菌基因组比例等基因组特征及完整型原噬菌体的类型,对原噬菌体做初步分类,统计分析完整型原噬菌体中携带耐药基因数目、耐药表型、耐药机制与毒力基因数目、毒力基因家族分布等.[结果]112株大肠杆菌携带完整型原噬菌体1024个,疑似型原噬菌体287个,缺陷型原噬菌体505个.1024个完整型原噬菌体中,多数与长尾噬菌体相似,占70.21％(719/1024);共有63种噬菌体类型,其中BP4795(登录号:NC_004813.1)类型的占比最高,达到19.24％(197/1024),其次是DE3(登录号:NC_042057.1),占比11.72％(120/1024).大肠杆菌携带原噬菌体的GC含量在38％～57％之间,基因组大小为3.1～152.6 kb,其中80 kb以内的原噬菌体占97.03％0(1762/1816).1024个完整型原噬菌体中携带耐药基因占比为6.35％(65/1024),共携带耐药基因253个,分别来自11个抗生素耐药基因家族;携带一个或多个毒力基因的完整性原噬菌体占42.78％(438/1024),共携带毒力基因1274个,分别来自9个不同毒力因子家族,平均每个完整型原噬菌体携带毒力基因2.9个.[结论]大肠杆菌普遍携带原噬菌体,原噬菌体中部分携带耐药基因与毒力基因,在实际应用中应充分评估其风险,防止原噬菌体造成的耐药基因与毒力基因在菌株之间的转移.
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