一种新的EST聚类方法

来源 :遗传学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xiang43

【摘要】

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该研究发展了一种EST(expressed sequence tag)聚类方法(ESTClustering),用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量、非重复表达序列.该方法在聚类过程中采用ME

【作者】

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张利达袁德军张建伟王石平张启发

【机构】

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华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室

【出处】

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遗传学报

【发表日期】

：

2003年2期

【关键词】

：

EST聚类方法一致序列无冗余cDNA文库基因测序 EST clusteringconsensus sequencenonredundant cDNA li

【基金项目】

：

国家重点基础研究发展计划(973计划)

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该研究发展了一种EST(expressed sequence tag)聚类方法(ESTClustering),用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量、非重复表达序列.该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验.这一聚类策略能降低测序错误带来的影响,有效识别基因家族成员,并避免选择性剪接的干扰.与NCBI(National Center for Biotechnology Information)的UniGene c

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