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目的 研究环氧合酶－2（COX－2）和配体复合物结构中药物小分子的能量及构象变化，为选择性COX－2抑制剂的研究奠定基础。方法 从PDB库中提取COX－2与选择性抑制剂（SC－588）作用复合物的X－线晶体结构，在由美国Tripos公司提供的Alchemy2000平台上，剥离与之结合的药物小分子SC－588，然后同孤立态优势构象进行能量及性质比较。结果 复合物晶体结构中药物分子的低能构象及其孤立态优势构象在能量和性质上均有差异。结论 分子活性构象并不一定是低能构象，其能量往往介于孤立态能量和复合物