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2009年，海洋科学技术司在国家海洋局党组的正确领导下，在各部门的大力支持下，以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，认真落实2009年全国海洋厅局长会议和党组扩大会议精神，注重在强化职能和科学发展观整改措施落实上下功夫，一手抓海洋科技创新，一手抓海洋科技成果转化应用，在支撑海洋经济社会发展、海洋管理和公益服务工作中做出了新成绩。