【摘 要】
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摘要：分析苦参转录组中的简单重复序列（SSR）位点信息，为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长（reads）进行质量评估，再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤，利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装，之后使用基因组装完整性评估（BUSCO）软件对转录组组装的序列進行质量评估，并分析组装的conting
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摘要：分析苦参转录组中的简单重复序列（SSR）位点信息，为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长（reads）进行质量评估，再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤，利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装，之后使用基因组装完整性评估（BUSCO）软件对转录组组装的序列進行质量评估，并分析组装的conting序列的开放阅读框（open reading frame，简称ORF）;利用MicroSAtellite（MISA）软件对无冗余独立基因（unigene）进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点，分布于7 339条unigene中，总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%，SSR位点平均间隔是5.28 bp，其中占比最高的是单核苷重复基序，为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73% 的二、三核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多，出现频率高，在后续的苦参遗传性状分析，及次生代谢（苦参碱和黄酮等次生代谢产物）途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。
关键词：苦参;转录组;SSR;位点信息;基因功能;分子标记
中图分类号： R285
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