灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性分析

来源 :云南农业大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：sunyanjun03

【摘要】

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【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP

【作者】

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李显煌杨生超辛雅萱屈亚亚杨琳懿冯发玉范伟辛培尧

【机构】

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云南农业大学,云南农业大学,西南林业大学

【出处】

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云南农业大学学报:自然科学版

【发表日期】

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2021年3期

【关键词】

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灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子

【基金项目】

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云南省药用植物生物学重点实验室开放基金课题,云南省重大专项(2017ZF002)。

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【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数

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