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海军总医院神经外科组建于1962年，于1979年独立建科，1988年经批准成立海军功能神经外科中心，2000年成立海军神经疾病研究所，1992年成为全军神经外科中心．2011年成为全军微创神经外科研究所。海军总医院神经外科还于1989年被批准成为第二军医大学、军医进修学院（301医院）硕士学位联合培养单位，2000年被批准为博士学位联合培养单位和博士后流动站组成单位，现已发展成为集临床、科研、教学、保健于一体的综合性现代神经外科中心。