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针对指挥信息系统组织结构效能评价的静态量化分析方法存在的不足,提出了基于Extendsim的动态仿真评估方法。通过信息流程分析,建立评估指标,构建传统和基于云计算数据中心构想的指挥信息系统组织结构效能仿真评估模型,并结合实例对两种模型进行了评估分析,为指挥信息系统组织结构比较和改进进行了有益探索。