为了提高瘤胃细菌多样性研究中变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)方法的准确性,本研究对DGGE的最佳变性剂梯度范围、PCR扩增程序和PCR产物处理方法进行了优化。设计DGGE变性剂浓度梯度为35%~70%、40%~60%和55%~65%,分别利用一步PCR和修补PCR(reconditioning PCR)对瘤胃细菌16S r DNA进行扩增;PCR产物分别经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(denatured polyacrylamide gel electrophoresis,d-PAGE)和绿豆核酸酶纯化;之后对DGGE凝胶图谱聚类分析,并选取部分DGGE条带割胶测序。结果表明,DGGE的变性剂浓度为40%~60%时,DGGE图谱中条带分离效果较好。修补PCR结合d-PAGE纯化在一定程度上可减少PCR产物中的单链DNA(singlestranded DNA,ss DNA)。通过聚类和条带割胶测序分析发现,不同处理方法条件下DGGE图谱条带分布不同,DGGE凝胶图谱中的单一条带并不能代表是单一菌种。本研究在用DGGE对瘤胃细菌群落多样性分析时使用40%~60%凝胶变性剂浓度,并用修补PCR结合d-PAGE纯化样品DNA可获得最佳效果。研究结果为瘤胃微生物样品DGGE分析提供了参考资料。