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经费投入改革是疾病预防控制机构改革的关键。实证分析结果显示,经费投入改革一方面缓解了地方财政状况对于政府卫生防疫费用投入的限制,另一方面政府宏观投入的变化反映了对当地疾控机构经费投入的实际影响。改革降低了机构的市场筹资行为对其获得政府投入补偿的影响,打破了过去预算机制中可能存在的机构提高市场筹资行为便可以获得更多政府经费投入的问题。