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胃肠道是HIV感染的主要部位，肠道菌群及其代谢产物可对肠道的理化性质、营养状态及免疫功能产生影响，改善艾滋病患者的肠道菌群状态，可提高患者的免疫功能，抑制HIV病毒对机体造成的损伤。辣木复合肠内营养可改善艾滋病患者的肠道微生态，有效提高患者的营养状况，但存在与抗病毒药物及大蒜、贯叶金丝桃等草药相互作用的可能。微生态制剂对艾滋病患者肠道菌群的调节作用较弱，但可在一定程度上提高患者的免疫功能。粪便菌群移植对艾滋病患者的肠道菌群多样性改变不明显，且远期并发症尚待明确，但可在一定程度上提高患者免疫力。微生态制剂的保存、饮食调节肠道菌群状态、艾滋病患者粪便菌群移植后的护理等方面尚待研究。