目的分析晋江市新型农村合作医疗(新农合)住院患儿疾病谱特点,为制定防控策略提供依据。方法对晋江市2009—2013年新农合住院患儿病例资料进行疾病谱分析。结果儿童住院的年龄、性别分布不同,疾病构成比顺位有区别,但呼吸系疾病始终排各年龄组首位;前5位分别是呼吸系疾病(66.14%)、消化系疾病(9.85%)、某些传染病和寄生虫病(6.69%)、起源于围生期的某些情况(2.91%)、损伤中毒和外因的某些其他后果(2.68%),前5位系统疾病占88.27%;单病种排序前5位:肺炎,病原体未特指(24.76%)、多发性或未特指部位的急性上呼吸道感染(11.08%)、急性支气管炎(10.73%)、急性扁桃体炎(7.89%)、其它以皮肤、黏膜损害为特征的病毒性感染(3.77%),前5位疾病占58.23%。结论呼吸系统疾病是威胁晋江儿童健康最主要的疾病,建议合理调整医疗卫生资源,针对性提供防治的有效方法和措施,根据不同年龄组疾病制定相应防治策略。