为探索宁夏干旱荒漠区苦豆子(Sophora alopecuroides L.)内生真菌的多样性及区系组成,为苦豆子内生真菌的合理开发和利用提供理论依据。从宁夏白芨滩国家级自然保护区不同植被和土壤类型的6个样区采集苦豆子样品30份,采用组织匀浆法从植株的根、茎、叶和种子中分离内生真菌,根据培养性状、菌落、孢子等形态特征,结合rDNA-ITS序列分析对菌株进行鉴定;根据内生真菌的相对频率、物种多样性指数、丰富度指数和相似性系数分析其区系组成特点。结果表明,从30份样品中共分离得到内生真菌213株,分别属于19个属,其中镰刀菌属(Fusarium)、链格孢属(Alternaria)和茎点霉属(Phoma)为优势属。苦豆子内生真菌的分布具有一定的组织特异性,根部的内生真菌数量高于其他部位,茎部内生真菌多样性指数最高。植被类型中,沙生植被草原(样区Ⅴ)分离的内生真菌物种多样性指数最高,而荒漠草原(样区Ⅲ)最低。荒漠草原(样区Ⅰ)和沙生植被草原(样区Ⅴ)内生真菌群落有密切的相似性。可见,苦豆子蕴含丰富的内生真菌资源,其内生真菌具有很高的宿主特异性,且分布受生境影响。