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云南铜厂沟铜钼矿位于杨子地台盐源-丽江中生代台缘坳陷铜钼铅锌金银成矿带上。系统地对成矿地质背景、矿区地质、矿床特征和矿石特征进行研究，铜厂断裂为矿区主要的导矿构造，北东向断裂F2是矿区主要控矿断裂，东西向断裂有F3、北西向断裂F5为次要控矿构造；矿区矿物共生组合有孔雀石-蓝铜矿-钼华-褐铁矿-粘土-石英组合和黄铜矿-辉钼矿-黄铁矿-硅酸盐矿物组合；有益组分银与铜呈正相关关系，矿石中铜品位越高，银含量越高；总结出区内铜钼矿受地层、构造和岩浆岩控制的特征，提出区内铜钼矿的找矿标志，并指出进一步找矿的方向。