宁波市艾滋病流行毒株的基因序列测定和亚型分析

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目的:研究宁波市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法:收集宁波市14名已经被确认为HIV-1型阳性感染者或病人的EDTA抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用套式聚合酶链反应方法扩增病毒膜蛋白ENV基因的C2-V3区,进行序列测定,并应用DNASTAR软件对序列进行分析,确定亚型。结果:通过与HIV-1各个亚型国际参考株的同源性和系统树分析比较,确定7份样品为B′亚型,1份样品为C亚型,3份样品为01_AE流行重组型,3份样品为07_BC流行重组型。结论:宁波市存在多种HIV-1亚型,流行形势严峻,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。 Objective: To study the subtype distribution and epidemic pattern of HIV strains in HIV-infected population in Ningbo. Methods: Totally 14 samples of anticoagulated whole blood of patients with HIV-1 positive or HIV-1 infection in Ningbo were collected and the proviral DNA was extracted. The C2 of the viral envelope protein ENV gene was amplified by nested polymerase chain reaction -V3 region, the sequence determination, and the application of DNASTAR software sequence analysis to determine the subtype. Results: By comparing with the homology and phylogenetic tree analysis of HIV-1 international reference strains, 7 samples were identified as B ’subtype, 1 sample as C subtype, 3 samples as 01_AE epidemic recombinant, Three samples were 07_BC prevalent. Conclusion: There are many HIV-1 subtypes in Ningbo City. The epidemic situation is grim. Monitoring subtypes of HIV-1 strains should be strengthened and strategies for prevention and treatment should be adjusted in time.
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