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在实际工业应用中，磁悬浮电机转子时常出现与转速无关的低频振动。文中从数学模型及外部激励两个层面对该低频振动进行了分析，结果表明磁悬浮转子的低频振动由闭环控制系统的固有频率决定，且该振动会在噪声的激励下被激发。在此基础上文中研究了基于扩展状态观测器的振动补偿策略，并提出了引入扩展状态观测器后控制系统稳定性的判据方法。文中通过仿真与试验对提出的振动补偿策略进行了验证，结果表明在同样白噪声激励下，加入补偿器后转子最大振动量较单独使用PID控制时下降约21%；在30000r/min转速下，补偿器的作用更为明显，转子最大振动量减少了26.6%。