甘蔗花叶病毒3’末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

来源 :中国病毒学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:feierdalong
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选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV-CA为材料,经过病 毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的Sma I位点上,筛选 得到多个重组质粒。选取其中一个克隆SCMV-CA54进行测序,得到一个全长为1?296?bp的 核苷酸序列。这段序列由一个长为1?044?bp的开放阅读框架(ORF)和一个长279?bp的3 ’ 末端非编码区序列(3-UTR)及poly(A)尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白(CP )及部分核内含体蛋白b(NIb)基因序列。将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核 苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离物CP核苷酸序列的同源性介 于63.7%~77.6%之间,氨基酸的同源性介于64%~89%之间。根据马铃薯Y病毒属的序列同源 性划分标准,SCMV-CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系划分标准之间。这 是我国首次报道SCMV CP基因序列。
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