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尽管我国政府拒绝承认国际仲裁庭作出的、就中菲南海仲裁案中包括海洋环境保护在内的7项诉求具有管辖权和可受理性裁决的效力,但南海丰富的渔业资源和重要的生态系统,正遭遇不同海洋用途的经济活动以及沿海居民生活的不利影响,已是不争的事实。虽然国际立法和区域机制就治理、恢复、保护南海生态环境作了诸多安排,但从长远来看,囿于条约的概括性、调整对象的广泛性、实施的羸弱性,国家或不愿意或不能够真实、充分地回应南海生态环境风险。区别于传统海洋环境保护,基于生态系统的海洋保护区网络建设虽面临一系列挑战,但分目标、有针对的"过程导向"务实合作机制有助于平衡生态保护和合理利用的关系,以及缓减国家冲突并维持地区的和平稳定。