转型深化期,合作创新愈来愈多的在不同产业或规模、实力不同的非对称企业间开展。但实践表明,非对称企业间的合作创新关系却大多难以长久维持,合作关系常因合作一方单方面违约而瓦解,近年来不乏研发联盟在合作一段时间后"突然"解散的例证。论文针对这一现实问题,运用进化博弈理论,在前人相关研究基础上,引入合作创新超额收益、违约额外收益、超额收益分配系数和违约成本等影响因素,构造不同产业或规模、实力不同的两家非对称企业合作创新的进化博弈模型,对合作创新策略做进化博弈分析,判断策略的进化稳定性,分析非对称企业间进行合作创新的策略选择。研究表明:如企业违约而获得的额外净收益大于继续合作创新所获得的超额收益,则企业策略选择将视对方策略选择概率而定,但合作创新终将因一方企业违约而终止;如企业违约而获得的额外净收益小于继续合作创新所获得的超额收益,则企业策略选择将不受对方策略选择影响,合作创新终会因双方企业遵守合作契约而得到维持。