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巨型艾美球虫在非免疫鸡体内有3代裂殖生殖、在其第1代和第2代裂殖生殖阶段,虫体寄主的空肠组织发生粘液变性,在裂殖生殖后期和配子生殖阶段,空肠绒毛组织变化明显,包括粘膜上皮细胞大量脱落,固有层淋巴细胞浸润等,有时出现大量上皮间淋巴细胞。试验鸡经巨型艾美球虫攻击后,在其子孢子侵入,移行阶段就受到抑制。随着时间推移,第1代,第2代和第3代殖生殖受到日益加重的抑制,最终使虫体没有进入到有性生殖阶段。