【摘 要】
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目的 基于基因表达谱芯片,利用生物信息学方法,探索放疗在大肠癌治疗中的重要靶点.方法 在GEO数据库中下载GSE15781基因表达谱数据,利用R编程语言得到放疗后大肠癌样本相对于
【机 构】
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300011,天津市职业病防治院(天津市工人医院)放射科
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目的 基于基因表达谱芯片,利用生物信息学方法,探索放疗在大肠癌治疗中的重要靶点.方法 在GEO数据库中下载GSE15781基因表达谱数据,利用R编程语言得到放疗后大肠癌样本相对于未放疗大肠癌样本、未放疗大肠癌样本相对于未放疗正常大肠样本的差异表达基因.利用DAVID在线工具对差异表达基因进行功能富集分析,对于在两组差异表达基因中同时出现的部分,利用HPRD数据库构建它们的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.结果 放疗后的大肠癌样本相对于未放疗的大肠癌样本存在702个差异表达基因;与未放疗的正常大肠组织相比,未放疗的大肠癌样本中存在126个差异表达基因.这些差异表达基因主要富集于细胞黏附、细胞增殖等与细胞生物活动及炎症相关的生物过程中;且这两组差异表达基因重合了16个基因,在它们的PPI网络中,PTGS2、SDCBP2等基因与其他基因联系较密切,可能是放疗的重要靶标基因.结论 通过基因表达谱的分析,可能得到大肠癌放疗的重要靶标,这对其实验研究和临床治疗具有非常重要的意义.
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