分类经营管理制度是此次修法的重点，是贯穿森林法修改的一条主线，也是多年来林业改革发展取得的成熟可行经验之一。
　　1995年，原国家体制改革委员会、林业部联合颁布的《林业经济体制改革总体纲要》中提出“森林资源培育要按照森林的用途和生产经营目的划定公益林和商品林，实施分类经营，分类管理”。1999年，《国家林业局关于开展全国森林分类区划界定工作的通知》要求各地开展森林分类区划工作。全国据此开展的首次森林分类区划界定，为实施林业分类经营和建立森林生态效益补偿制度打下了基础。2003年，《中共中央 国务院关于加快林业发展的决定》明确提出：“实行林业分类经营管理体制。将全国林业区分为公益林业和商品林业两大类，分别采取不同的管理体制、经营机制和政策措施。”
　　1998年森林法修改时，对于分类经营管理制度是否在森林法中进行规定，曾经进行过研究、讨论。虽然原森林法没有将“分类经营管理”作为基本制度写入法律，但是通过设定森林生态效益补偿基金制度，规定五大林种中的防护林和特种用途林与其他三类林种采取不同的采伐和流转制度，已经肯定了分类经营管理的理念和做法，为分类经营管理制度成熟后写入法律留下了空间。
　　为充分发挥森林多种功能，满足全社会的多元需求，提高管理效能，既考虑生态效益和林业发展，又考虑林农权益和林区稳定，本次森林法修订在总结林业多年分类经营改革成功经验的基础上，将“对公益林和商品林实行分类经营管理”作为基本制度在“总则”中予以明确，对公益林和商品林确立不同的经营、管护制度，通过突出主导功能，发挥多种功能，实现森林资源科学经营、永续利用。
　　对于公益林，核心就是严格保护。本次修订首先明确了公益林划定的基本原则和范围。以主导功能和生态区位为分类依据，规定将森林生态区位重要或者生态状况脆弱，以发挥生态效益为主要目的的林地和林地上的森林划定为公益林。实际工作中，根据国家林草局和财政部共同制定的《国家级公益林区划界定办法》，开展了国家级公益林的划定。在总结实践中公益林划定具体范围、标准的基础上，新修订的森林法规定重要江河源头汇水区域，重要江河干流及支流两岸、饮用水水源地保护区，重要湿地和重要水库周围等区域的林地和林地上的森林等，应当划定为公益林。其次，建立了公益林的经营和管理制度。一是强调科学保护。严格保护公益林并非排斥科学经营，公益林中生态功能低下的低质低效林，应当采取林分改造、森林抚育等措施，提高森林质量和生态保护功能。二是严格采伐管理。公益林以发挥生态效益为主，除因科研、防火、有害生物防治等特殊需要以外，只能进行抚育、更新和低质低效林改造性质的采伐。三是规范合理利用。为了提高森林经营质量，调动公益林经营的积极性，在严格遵守国家有关规定、符合公益林生态区位保护要求、不影响公益林生态功能、经科学论证等前提下，可以合理利用公益林林地資源和森林景观资源，适度开展林下经济、森林旅游等。再次，加强对非国有公益林经营者权利的保护。公益林实施严格保护，会对林业经营者的权利进行一些限制。本次修订在原森林法基础上，特别规定公益林划定涉及非国有林地的，应当与权利人签订书面协议，并给予合理补偿。
　　对于商品林，核心是依法自主经营。本次修订明确，未划定为公益林的林地和林地上的森林属于商品林。规定国家鼓励发展商品林，经营者在不破坏生态的前提下，依法享有自主经营的权利，可以采取集约化的经营措施，提高经济效益。商品林也要兼顾生态效益，商品林可以采取包括皆伐在内的采伐方式，但应严格控制皆伐方式，按照规定完成更新造林。同时，针对实践中一些不科学造林影响生态环境的情况，对发展速生丰产用材林等提出了“在保障生态安全的前提下”的要求。