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清朝统一新疆后,先后实行了军府制度和行省制度,伊犁将军和新疆巡抚成为这两种制度之下清政府治理新疆的最高官员,二者有相同点,也有不同点。新疆巡抚取代伊犁将军,郡县制代替军府制,实现了新疆与内地政治制度的统一,也实现了新疆内部政治体制的统一,是晚清边疆民族政策的历史性转折,在一定程度上反映出历史发展的必然趋势。