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黔东南小香羊和贵州白山羊之间的遗传关系一直存在争议，为此，对黔东南小香羊16个个体和贵州白山羊13个个体细胞色素b基因全序列进行了测定，通过遗传多样性和系统发育分析，探讨黔东南小香羊系统地位。结果表明：在2个贵州山羊群体中共观察到8种单倍型。2种单倍型共享，其中，贵州白山羊有7种单倍型，黔东南小香羊有3种单倍型；黔东南小香羊单倍型多样性（Hd）为0．625，核苷酸多样性（H）为0．00189，贵州白山羊的Hd和Pi分别为0．923和0．00324，贵州白山羊遗传多样性比黔东南小香羊丰富。结合从GenBan