环状RNA在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及生物信息学分析

来源 :中华临床感染病杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong482
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目的

探讨环状RNA(circRNA)分子在慢性HBV感染者不同时期的差异表达及其作用。

方法

收集泰州市人民医院感染病科2014年10月至2015年10月就诊的慢性HBV感染者7例,其中慢性乙型肝炎(CHB)患者4例,慢性HBV携带者3例,3名对照来自健康体检者。采集所有研究对象外周血单个核细胞(PBMC),应用新一代circRNA表达谱芯片检测PBMC中circRNA分子的表达,并通过荧光定量PCR进行验证。采用微小RNA(miRNA)靶预测软件分析circRNA和miRNA的相互作用位点。应用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对其靶向miRNA及调控靶基因进行分析。采用SPSS 17.0软件对数据进行分析。

结果

与健康对照者比较,CHB患者表达差异的circRNA分子有137个,其中上调89个,下调48个;慢性HBV携带者表达差异的circRNA分子有444个,其中上调130个,上调5倍以上的有34个,下调314个。CHB患者与慢性HBV携带者相比,差异表达的circRNA分子有1 041个,其中上调663个,下调378个,下调超过5倍以上的有54个。差异表达的circRNA上具有miRNA应答元件,可与miRNA种子区域的碱基互补配对。靶基因预测分析显示,hsa_circ_0038646相关miRNA调控的靶基因有533个,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶基因有249个。GO分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA调控靶基因的功能主要富集于激活素结合等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA调控的靶标富集于犰狳重复区域结合等。KEGG分析显示,hsa_circ_0038646分子相关miRNA主要参与T细胞受体结合途径、雌激素受体信号通路等,hsa_circ_0087354分子相关miRNA主要参与粘附连接、MAPK信号途径等。

结论

HBV感染不同时期患者circRNA的表达存在差异,差异表达的circRNA可能通过影响相关miRNA分子的多个靶基因及其信号途径参与慢性HBV感染者的免疫调控。

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