定向RNA—Seq技术在铜绿假单胞菌的应用

来源 :解放军医学院学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zxhllgl1314
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目的探讨定向转录组测序技术在铜绿假单胞菌的应用,为研究基因组的注释和表达调控提供重要手段。方法抽提菌体RNA并去除rRNA,连接接头后用特异性引物反转录成cDNA,PCR扩增后测序;所得数据采用Bowtie和rSeq软件分析。结果在所有26557654条读段中,除去无效读段209928条,与基因组匹配的读段为26347726条,测序结果能覆盖几乎99%的基因组,78.7%的基因来源于两个方向转录本映射读段,读段数最高的基因是ssrA,发现新的基因2283个。结论成功建立了铜绿假单胞菌中的定向RNA—Seq
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