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农业技术创新活动是提升农业整体竞争力的有效途径，合理专利制度的设计将为农业科技创新主体提供内生的激励，保证农业技术成果充分和有效供给。首先阐述了农业技术创新专利制度的基本观点，并探讨了农业技术创新与专利制度的互动关系，分析了现阶段我国农业技术创新专利制度存在的主要问题。最后从专利制度建设，提高专利意识和体现地区专利保护差异等方面提出了完善农业技术创新专利制度的具体措施。