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目的：分析基本药物制度实施对基层医疗机构补偿机制的影响并提出完善补偿机制的对策建议。方法：运用系统动力学方法，构造基层医疗机构补偿机制模型，模拟比较基本药物制度实施前后基层医疗机构收支增长情况。结果：基本药物制度实施后，基层医疗机构收入与支出增长减缓；在政府财政补助年增长率达13%时，总收益增长基本保持平衡。结论：为完善基层医疗机构补偿机制可采取政府按时足额补助，适当提高医疗服务价格，建立综合的补偿机制等措施。