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邓小平理论开辟了运用系统方法进行理论创新的新时代，改革开放是我国社会的系统改制和系统优化，期间大量不矛盾的事物成为工作重点，党的基本路线也立足系统主抓要素。江泽民以党的基本纲领、“三个代表”重要思想和“三个文明”协调发展的理论为主，全面展示了党的指导思想对系统方法的运用。胡锦涛提出的科学发展观更是对系统方法的直接应用。由此，系统方法构成了新时期党中央理论创新方法的基本特征，并科学地实现了系统方法与矛盾方法的有机结合。