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应用数据包络分析法（DEA），根据广东省2000年-2009年的科技年鉴数据对广东省高等教育的科技资源投入和产出进行了评价和分析。结果表明：1999～2007年广东高校科技资源投入产出效率整体状况良好；但也存在DEA有效与非有效年份；不同产出指标的效率水平存在差异且变化趋势不同；各年度纯技术效率普遍高于其规模效率；在非有效年份增加科技资源投入有利于提高高等院校的科技创新效率。