【摘 要】
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目的利用基因组发掘策略指导铁载体类化合物的发现。方法首先,在获得灰产色链霉菌( Streptomyces griseochromogenes)CPCC 200274 全基因组序列的基础上,利用 antiSMASH 对其
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所/卫健委抗生素生物工程重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金(81603006、81630089、81703398、81872780);“重大新药创制”国家科技重大专项(2018ZX09711001-006-011、2018ZX09711001-007-001);中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2016-I2M-2-002、2016-I2M-3-012)
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目的利用基因组发掘策略指导铁载体类化合物的发现。方法首先,在获得灰产色链霉菌( Streptomyces griseochromogenes)CPCC 200274 全基因组序列的基础上,利用 antiSMASH 对其编码的潜在次级代谢产物生物合成基因簇进行生物信息学分析,通过 Blastp 比对,判断该菌株中是否存在铁阻遏蛋白(DmdR1)同源基因,并借助于MEME、FIMO 等软件寻找包含 DmdR1 蛋白结合位点(iron box)的基因簇,则该基因簇可能为铁载体类化合物的生物合成基因簇;其次,摸索
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