探讨不同时期慢性乙肝患者乙型肝炎病毒（HBV）S蛋白变异频率与变异模式差异，并分析病毒变异的临床意义。
方法采用病例比较，分析各组间S蛋白变异率与变异位点的差异。选择上海中医药大学附属曙光医院就诊的112例慢性乙型肝炎患者，分为4组即乙肝耐受期（immune-tolerance，IT）组36例，男性为20例，女性为16例，年龄为28.00（25.00，30.75）岁、清除期（immune-clearance，IC）组28例，男17例，女11例，年龄为29.00（25.25，31.75）岁、低复制期（low-replication，LR）组25例，男17例，女8例，年龄为39.00（35.00，45.50）岁及复发期（reactivation，RE）组23例，男15例，女8例，年龄为43.00（36.00，48.00）岁。基因测序法用于检测HBV S蛋白基因序列。分类变量间差异分析采用χ2检验，非正态分布数据采用非参数秩和检验（kruskal-wallis H与Mann-Whitney U）。
结果主要亲水区（major hydrophilic region，MHR）区域内IT自然产生的变异率为16.67%（6/36例），主要集中于"a"决定簇的LOOP1中，与IC（21.43%，6/28例）、LR（20.00%，5/25例）、RE（34.78%，8/23例）相比，4组间差异无统计学意义（χ2=2.814，P=0.421）；MHR区域外变异频率IT与IC分别为11.11%（4/36例）与14.29%（4/28例），LR期病毒基因多变性呈逐步增加，变异频率为24.00%（6/25例），复发期达峰值为52.17%（12/23例），4组之间差异有统计学意义（χ2=15.041，P=0.002）。
结论HBV S蛋白变异可能不仅是宿主免疫压力所致的后果，可能也是乙肝再发作的原因。