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针对现有的跨层资源分配算法计算量大、复杂度较高的问题，提出了一种基于遗传算法的OFDMA系统的跨层资源分配算法。利用遗传算法隐形并行处理、较好的全局搜索性能、易收敛到最优解的特点，在系统性能一定，且满足各个用户业务要求的条件下，对资源进行优化分配，较好地解决了跨层资源的分配问题。仿真结果表明，在满足用户间公平性的前提下，算法有效提高了系统的频谱利用率及吞吐量，减小了用户的平均等待时延，提高了服务质量，并且随着子载波数和用户数的增加，算法在复杂度方面优势更突出。