目的 利用DNA条形码内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）序列针对自采及流通使用环节的不同基原兔耳草进行分析，建立一种快速鉴定常用兔耳草的方法，并分析市场流通的主流品种。方法 采用试剂盒提取101份兔耳草样品的DNA，针对其ITS2片段进行PCR扩增并双向测序，获取ITS2序列信息；并从Gen Bank上下载相关序列28条。运用MEGA6.0对129条ITS2序列进行比对分析，计算种内和种间K2P遗传距离，构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统进化树，并预测ITS2二级结构。采用BLAST法及NJ聚类分析法分析市场流通兔耳草基原。结果 除四川部分区域所产全缘兔耳草Lagotis integra与革叶兔耳草L. alutacea种间亲缘关系近外，短筒兔耳草L. brevituba、全缘兔耳草、圆穗兔耳草L. ramalana、革叶兔耳草、短穗兔耳草L.brachystachya及紫叶兔耳草L.praecox的种内最大遗传距离均小于种间最小遗传距离，具有明显的条形码间距。系统进化树显示短筒兔耳草、圆穗兔耳草、短穗兔耳草及紫叶兔耳草单独聚为一支，四川部分区域所产全缘兔耳草与革叶兔耳草聚为一支，其余全缘兔耳草聚为一支。通过ITS2二级结构发现，各基原兔耳草在茎环数目、大小及位置均有一定差异，可区分亲缘关系近的全缘兔耳草与革叶兔耳草。市场分析显示，市面上流通的兔耳草有6种基原，以全缘兔耳草使用占比最高，短筒兔耳草次之，短穗兔耳草及圆穗兔耳草较低，紫叶兔耳草及革叶兔耳草最低。结论 ITS2序列可以作为DNA条形码用来鉴别常用藏药兔耳草的基原，市场主流兔耳草品种为全缘兔耳草、短筒兔耳草及短穗兔耳草。