【摘 要】
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近10年的遗传研究表明,我国沿海西施舌可分为2个隐种,即北方西施舌和南方西施舌.为辅助鉴别这2种西施舌以及准确评估其种质资源,以转录组数据为基础,分别挖掘并分析这2种西施舌转录组上的微卫星序列以及直系同源基因上的微卫星序列,并随机选取4组直系同源基因上的微卫星进行试验验证.结果表明,北方西施舌每16.6个unigene含有1个微卫星,出现频率为6.0％,含63种重复基元.南方西施舌每10.5个unigene含有1个微卫星,出现频率为8.2％,含89种重复基元.在2个隐种的转录组中,除单碱基重复外,优势重复
【机 构】
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江苏海洋大学 海洋科学与水产学院,江苏 连云港 222005
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近10年的遗传研究表明,我国沿海西施舌可分为2个隐种,即北方西施舌和南方西施舌.为辅助鉴别这2种西施舌以及准确评估其种质资源,以转录组数据为基础,分别挖掘并分析这2种西施舌转录组上的微卫星序列以及直系同源基因上的微卫星序列,并随机选取4组直系同源基因上的微卫星进行试验验证.结果表明,北方西施舌每16.6个unigene含有1个微卫星,出现频率为6.0％,含63种重复基元.南方西施舌每10.5个unigene含有1个微卫星,出现频率为8.2％,含89种重复基元.在2个隐种的转录组中,除单碱基重复外,优势重复类型均为三碱基重复.在北方西施舌和南方西施舌的转录组中,三碱基重复的优势基元分别为AAC/GTT和ATC/ATG,最常见的微卫星长度均为15 bp.在2个隐种的转录组中,微卫星的重复次数主要为5～10次.有409组直系同源基因在2个隐种中所含微卫星序列长度不同,可以作为潜在的物种特异性分子标记.验证结果表明,4对荧光标记微卫星引物的PCR扩增产物清晰、明确,无杂峰,组合使用2对引物可以初步区分北方西施舌和南方西施舌.
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