目的：大样本分析中国胃肠间质瘤（GIST）患者中c-kit或PDGFRα基因突变类型和突变特点及其与临床病理特征的关系。方法回顾性收集2002年9月至2014年1月北京大学肿瘤医院收治的827例突变型GIST患者的临床病理资料和肿瘤组织标本，运用聚合酶链式反应扩增-直接测序法检测c-kit（外显子9、11、13、17）与PDGFRα基因（外显子12、18）的突变状态，分析其突变类型和突变特点与临床病理特征的关系。结果827例突变型GIST患者中c-kit基因突变798例（96．5％），其中外显子11、9、13和17突变分别为669、99、18和12例；PDGFRα基因突变29例（3．5％），其中外显子12和18突变分别为2和27例。669例c-kit基因外显子11突变中，缺失突变325例（48．6％，主要位于5′端），点突变172例（25．7％，主要集中在556～560密码子），混合突变135例（20．2％），重复突变37例（5．5％，主要位于3′端）；外显子11突变类型与患者年龄、性别、肿瘤原发部位、肿瘤大小、核分裂象及CD34表达有关（均P＜0．05）。 c-kit基因外显子9突变均为502～503密码子的重复突变；外显子13和17突变均为点突变。 PDGFRα基因突变中点突变占75．9％（22／29），另有缺失突变4例，混合突变3例。结论 GIST中c-kit和PDGFRα基因突变率高且突变类型多样，不同外显子突变以及同一外显子的不同突变类型均具有一定的独特性，可为临床个体化治疗提供参考。