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克隆基因的方法很多，通过突变是克隆基因的常用方法, 如转座子标签法常用于克隆植物病原细菌致病相关基因及植物的抗病基因。尽管转座因子在丝状真菌中也普遍存在，但对它们的转座作用和功能了解不多，迄今转座子标签法还没有发展成为标记真菌突变体和基因克隆的常规技术。而一般的UV或化学突变方法又将使突变基因的鉴定和克隆遇到许多问题。用质粒DNA转化真菌时，也会发生非同源随机插入真菌基因组而形成标记的突变体，但往往由于转化频率较低等因素而难以广泛应用。新近的研究发现，在限制酶介导下大多数真菌的质粒DNA转化频率明显提高，