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第二阶段西学的发展，必须放在一七五○年前后统治欧亚大陆的前工业领土国家(pre-industrial territorial states)的脉络下来谈。这些国家包括：德川日本、朝鲜、清代中国、印度蒙兀儿王朝、奥斯曼帝国、西欧国家（西、法、英、意、瑞士）、东欧国家（普鲁士、波兰、奥地利、俄罗斯）。虽然通过一些贸易路线，欧亚大陆与世界其他地区已被联结在一个（不平等的）体系中，而欧洲国家也已在大部分的美洲进行殖民统治，但小国仍林立于撒哈拉以南的非洲、东南亚、澳大利亚以及新西兰等地。在这个近代早期的世界中，清代中国是一个庞大的帝国，领土统辖涵盖了西藏高原、中亚、蒙古、满洲，以及从高丽到越南的漫长海岸线。
清帝国的统治者（大多是满洲跟蒙古的贵族）与商业地主阶层的精英在十八世纪中国形成稳定的政治联盟。另一方面，欧洲的绝对王权国家则起源于受威胁贵族与新兴中产阶级之间的强大张力。绝对王权国家在十八世纪欧洲的形成实际上是“受威胁贵族的新政治保护壳”。安德森(Perry Anderson)指出:“整个近代早期的政经统治阶级跟中世纪的一样——都是封建的贵族。贵族在中世纪结束之后的几个世纪经历了深刻的转型，但是从绝对王权国家历史一开始到结束，贵族从未离开过政治权力核心。质言之，绝对国家只是封建统治体制的再发展与回笼……一开始时它是被设计用来钳制压抑广大农民，目的是让他们留在传统的社会阶级中。”
清帝国与商业地主阶层精英的联盟因此与欧洲的统治阶级形成了强烈对比。清帝国继承了前明朝整个国家体制与科举制度，成功地建立与地主和商业精英的合作关系。这些精英们不但认同清朝这个国家政权，还积极地为清政权的统治正当性辩护。他们可说是建立大清帝国意识形态的建筑师（艾尔曼）。
从十六至十八世纪，在欧亚大陆上的清代中国、印度蒙兀儿王朝、奥斯曼帝国与俄罗斯帝国占据欧亚大部分领土。这些庞大帝国的政治精英们面临幅员辽阔的领土中日渐复杂的问题。清王朝在巩固了中国疆域后，所统治的新征服的领土增加一倍，人口也剧增一倍左右。清王朝大规模境内人口迁徙、地方与中央精英间的高度社会阶层流动，还有与蒙古、西藏、新疆之间复杂的族群关系，使得一个前工业化商业社会更加复杂化。清廷还得要处理沿岸与欧洲、日本、南亚与东南亚各地的商人间日益扩充的贸易往来。就是说，在一八○○年之前，清廷已经面临来自政治、经济与外交的各种难题挑战。欧亚大陆上这些靠土地税收来维持经营帝国运转的前工业化领土国家所面临的问题是极为相似的。清代中国由于幅员辽阔，其类似问题之规模及复杂度也相对增加。另一方面，近代早期欧洲的绝对王权国家却形成一组激烈争夺有限资源的敌对政权。他们对美洲大陆的殖民与掠夺突破了资源的瓶颈，同时也加强了其对南亚与东亚贸易的需求量。结果，近代早期的世界逐渐联系成了一个互相冲突呼应的系统。
但就文化面来说，西学在中国第一阶段的活跃交流之后，到底后续如何发展呢？清帝国的知识精英们不但赋予整个官僚体系管理食物供给、粮草运输、水利工程与征收税赋的能力，更关注清朝统治的合法性与象征性的历史议题。其中许多知识分子在思考如何回应挑战这个清帝国种种关于领土、法律与仪式的技术性问题。清廷的国家精英则更专注于高层次的权力合法性问题：如何重新建构一套国家正统来打破汉族与蛮族间的区别、中国与非中国领土的疆界、中国与西方知识信仰的歧异。这套正统重构的象征力量不但对国家精英与朝廷间的合作关系起巨大的作用，它还是项重要的指标，显示众多地方精英对朝廷内外政治权力的追逐已经形成一股潜在不稳定的势力。在这样的情况下，清廷的国家精英怎么能够对耶稣会士所带来的庞大资讯置之不理？
当然没有。在西学第一阶段中扮演文化中介角色的耶稣会士，在第二阶段时大部分都消失了。天主教教会先后在一七○七年与一七一六年派遣了两位罗马教皇特使来停止当时在中国对祭典祭孔与祖先崇拜的无休止争论。不幸的是，他们两位都分别失败了。而在康熙皇帝死后，继位的雍正皇帝在一七二二年后对耶稣会士采取严峻的手段。除了那些留在宫廷中且被视为尚有用处的传教士外，中国的传教活动基本上完全停摆。欧洲的教皇克莱曼十二世于一七三五年写了一封措辞强烈的信来重申他坚决禁止中国祭典的立场。尽管中国的传教任务遭受惨败，教皇本笃十四世仍在一七四二年发布最后但同时也是最严厉的对中国祭典谴责的教廷文件Ex quo singulari。当然这只有加重对耶稣会士的打击，而对中国完全没有任何影响力。另一方面，在欧洲的耶稣会士也在一七五○年后急剧没落，最后耶稣会士在一七七五年被解散。
耶稣会士作为中西文化交流的积极中介角色消失了，这同时也意味着清代的经师文人可以比较平心静气地思考选择西学的内容。虽然清廷的国家精英自十七世纪起就使用西学这个名词，但是这个词的意义及其使用的语境在十八世纪却有戏剧性的转变。日本与美国的学者，如薮内清与席文(Nathan Sivin)都同意，挪用耶稣会士的天文学的程度取决于耶稣会士与清廷国家精英的意图。循着薮内清的说法，桥本敬造进一步解释明末清初国家精英对耶稣会士天文历算知识的挪用，导致了官方编纂之大部头天文历算参考书《数理精蕴》与《历象考成》分别于一七二三年与一七二四年出版。许多后来的考证学家(在清代文人间称为汉学家)均曾学习这些官方版本的天文历算知识。艾尔曼恰当地指出，胡适与薮内清都强调考证学派着重于对文本的探求而疏于对自然界的认识。虽然艾尔曼认为胡适与薮内清过分强调这种文本主义对天文历算在清代中国发展的限制，但他基本上同意考证学派具有文本主义的偏见。艾尔曼并提出了考证学派天文历算研究如何地在其学派的论述笼罩之下持续发展。笔者认为艾尔曼所提供的这种评价太过温和，我们应当需要从新的史料中找出更有力的证据来驳倒胡适与薮内清的说法。
耶稣会士走了，但是他们留下一笔可观的文献资料。这批资料首先被宫廷御用学者仔细研究过，接下来又被吸纳进一种称为“汉学”的历史考证学运动中。在苏州的汉学家主张古代帝国时对五经的诠释保存了中国古代的真实意义。这些汉学家认为宋儒暗地将佛教与道教的教义纳入对儒家古代经典的诠释。因此苏州的汉学家将清帝国的程朱正统贬低成为建立在一个源起于宋朝的学派而已，而这个国家正统的根基（宋学）竟是靠佛教与道教的元素才能自圆其说。他们并不认为以宋学为主的清帝国程朱正统本身足够代表中国古代圣贤们的真正价值。另外一群来自常州的汉学家根据今文经来回应法制变迁与疆土扩充的问题。常州的汉学家尝试以解决内／外（地理政治的）、汉人／非汉人（文化的）与正统／异端（政治的）间的区分，来重新铸造大清帝国统治的正当性。扬州的汉学家们，是最具有世界主义倾向的经师文人，也对上述种种关于清帝国的正当性议题提出他们的解决方案。他们使用了大量来自西学的天文历算知识来诠释儒家的古代经典。笔者认为扬州的经师文人与苏州、常州的最大不同之处即在于他们将耶稣会士科学吸收同化入他们对古代经典的诠释。
许多苏州、常州、扬州的专门汉学家，如钱大昕、庄存与、刘逢禄、毕沅和阮元都登上全国性精英的高位，并不时要面对种种清帝国正当性议题的挑战。虽然他们各自汲取不同部分、甚至互相冲突的古代经文，但是我认为他们都属于广义下的“世界主义式的儒家思想架构”（cosmopolitan Confucianism）。如前所述，笔者把这些全国性精英的思想架构与他们对清政权合法性的支持联系起来。但这并不表示这些全国性精英对清帝国的合法性基础以及其权力之运作与分配有一致的共识。事实上，许多苏州、常州和扬州的专门汉学家在十八世纪后半期清楚地站在权臣和的对立面，并希望对帝国权力的分配有所改革。笔者所谓的“世界主义式的儒家思想架构”正是这种对帝国权力制衡的意识形态，也是指在中国从前工业领土国家转变成现代民族国家之际的前夕，一种新的文化普同主义。孔复礼(Philip Kuhn)比较恰当地将这种关于清帝国正当性的议题追溯为从清帝国到现代国族国家(nation-state)过程中的“权力合法性的危机”。虽然孔复礼并未研究十八世纪末这些全国性精英的学术思想与政治性格，但汪晖在《现代中国思想的兴起》中讨论了许多代表性人物，很能说明孔复礼所指出从十八世纪清帝国正当性议题的挑战到十九世纪清帝国权力合法性的危机的延续性。
从学术社群发展的角度来观察，专门汉学家的学术社群可上溯到明清转型。至乾隆初年时，汉学家的学术社群已然成形。戴震于一七五五年逃亡至北京，前去拜访钱大昕，立即受到钱大昕的赏识。戴震的《天文历算名物制度之学》立即受到当时在京师“通经汲古”的一批新科进士的推重与鼓励。就此契机，戴震那种高度统合式的经学便在清朝的国家精英间推广讨论起来。这一个历史的巧合同时也成为“西学”改头换面的巨大转折点。戴震的自然哲学体系，可以说是在学术意义上，第一位严密地架构起“世界主义式的儒家思想逻辑”的系统。当然，研究戴震的自然哲学体系的架构并非对戴震一人之学术思想研究，而是对从戴震到“阮元学圈”的学术开展进程的研究。阮元学圈于一七七○年后的兴起，在学术层次上乃是延续拓广戴震开出的典范；在政治层次上乃是沿着对抗和的轴线所发展出来的社群。余英时用典范概念来解释清代思想史，相当具有启发性。我们可以将阮元学圈的兴起与其经典诠释理解为一种维持“世界主义式的儒家思想架构”的典范，同时支持清帝国正当性的学术视野，但又对抗和派系的一个学术与政治的社群。
戴震仔细解读古代的经文之后，从经文的个别诠释中开发出各个学术领域，如数学、天文学、历史地理学、音韵学、自然科学（研究植物、动物与生物）、古代技术、古代政治体制与仪式器物、仪式程序、文字学、伦理哲学等等。为了达到这样广博的知识探究，戴震吸收西学用来当作注释经典的工具，但却设法避免以佛教与道教的思想去解释原始儒家经典。举例而言，戴震假设天体（如日、月、五行星与恒星）运行的知识不但古人知悉，戴震同时代的人也应该知晓。古人对字的念法当代的人也应该知道，因为古人与当代人发声的状态并无二致。只要记录得正确，古人穿衣的样式与在宫廷或家中举行的政治暨祭祖仪式都应该被当代人重新再现。古代经典中记载的驿道与地理，也可以经由国家的土地勘查测量一一重新描绘在当今的领域版图上。换言之，古今的万物造化、天体运行、文字语言、典章制度、地理风水，以及人情世俗等，都应该有一套客观永恒的模式与解释。这就是一种戴震版的“通经致用”。
戴震的风格昂立于十八世纪中国学术地景的高处有以下两个主要理由：首先，戴震超越了一般汉学家对正统道德哲学怀疑争辩的方式，他并不像其他汉学家只专注于辨识经文段落的真伪。这就是说，戴震不只从事训诂考证式的文本主义，他还研究如何对宇宙的、自然的与人造的物体做精确与量化的描述，因此可称为“客观科学”的诉求。其次，虽然戴震也跟他同时的人一样对古籍有浓厚的兴趣，但是他却不只为研究古籍本身而研究。戴震反而是借由他对古籍的研究而揭示了从古至今“天地人（cosmopolis）”运作的共通规律。基于戴震对儒家经典的重新诠释，他构想了一个适用于古今中外“天地人”的理想系统，一种具有客观精神的儒家式终极理想。追求这种学术与理想同时孕育着一个方法论的革新：首先是“由字同词，由词通义，训诂明而后义理明”的考证学路线，其次是“道寓于器，而后长存。舍乎器，何以知礼乐”的经验研究路线，最后是天文历算、名物度数、典章制度等的综合归纳路线。戴震的体系基本上有效地开启了这三种治经的方法论。
戴震的体系可以清楚地在《四库全书》以及“阮元学圈”内找到呼应、承续和对话。事实上，《四库全书》天文历算部分乃是清廷知识精英“节取”第一阶段西学的各式书籍并将其纳入汉语高层文化的努力。《四库全书》编译人员仔细清楚地将耶稣会士的天文历算联系到汉语传统本身内的技术词汇，甚至将部分耶稣会士的天文历算用语重新命名使之一一对应到传统的技术词汇里。在《四库全书》编纂人员的集体策划下，第一阶段传入中国的西学被分类并归入四部系统的两个阶层。第一层天文算法类被收编为子部。第二层的杂学被收在只保存目录而无内容的杂家类存目，乃是一种无法分类的混合体，是子部下的一个分项。这种分法是将无法分类的分成一类。《四库全书总目提要》有清楚的说明：
黄虞稷《千顷堂书目》，于寥寥不能成类者，并入“杂家”。杂之义广，无所不包。班固所谓，合儒墨兼名法也。变而得宜，于例为善，今从其说。以立说者谓之“杂学”；辩证者谓之“杂考”；议论而兼叙述者谓之“杂说”；旁究物理胪陈纤琐者谓之“杂品”；类辑旧文涂兼众轨者谓之“杂纂”；合刻诸书不名一体者谓之“杂编”。
根据《四库全书总目提要》的分类法，价值最高的耶稣会士天文历算作品，是可以用来注解发明古代经典中“天”的实像。其次，耶稣会士许多“天儒合一”的著作，则清楚地被判定为杂学，也就是无法分类的混合体。更等而下之者，许多耶稣会士的传教文献被斥为异端，根本被摒除于四库全书之外。《四库全书》以降的学者，在采用耶稣会士的著作时，便有了可靠的官方标准。
《四库全书》的分类法更使得江南经师文人能够持续不断地厘清所谓的“中法”与“西法”的界限与其各自的内容。“天文算法类”中的书，若非是对儒家古代经典诠释有用，就是由皇帝高官编成的官方著作。这其中有一个集体潜意识的“偷天换日”过程。首先，《四库全书》编译人员将耶稣会士的天文历算中的技术词汇解释为汉语传统本身内的对应词汇。接着，江南经师文人便发起了“正名”运动，将耶稣会士的天文历算中的技术词汇仔细考证后，分析出其天文算式的功能和用法，然后重新从古代经典中找出相对应的传统技术词汇，予以“正名”。结果就是将耶稣会士的天文历算层层内卷并吸纳为经典诠释的工具。“正名”运动除了政治效应外，也肩负了儒家学术与道德的双重任务：三代以下，礼崩乐坏。儒者必须负起责任，恢复周公治礼作乐的规模，就算必须“礼失求诸野”也在所不惜。因此，求诸于耶稣会士的天文历算的目的，最终是要回到三代以上的礼乐中国。
从戴震到“阮元学圈”的“世界主义式的儒家思想架构”更可以在科学史的研究中找到例证。编于一七九五至一八一○年的《畴人传》清楚地展示了这种将中法与西法区别开来的策略。洪万生与刘钝仔细分析了与《畴人传》编纂关系密切的“谈天三友”：焦循、李锐与汪莱。“谈天三友”及其友朋间所形成的学圈里，除了不断提升天文历算的水平外，也有意识地将中法置于西法之上。不愿迁就这种趋势的汪莱，便冷漠地被忽略了。笔者认为，“谈天三友”与江南经师们区分中法与西法的天文历算不过是四库全书天文算法类做法的一种延伸，以区分正统与非正统的西学。耶稣会士的天文历算中能够和传统技术词汇结合的便是中法，要不然就是西法。如此一来，戴震“世界主义式的儒家思想架构”，不但具体表现在《四库全书总目提要》天文算法类的说明里，也变成了阮元学圈重新组织耶稣会士的天文历算与再创作的知识泉源，更是他们编纂从古至今、绵延不续之《畴人传》的基础。这就是第二阶段的西学在盛清学术思想脉络里最重要的功能与意义。
清帝国的统治者（大多是满洲跟蒙古的贵族）与商业地主阶层的精英在十八世纪中国形成稳定的政治联盟。另一方面，欧洲的绝对王权国家则起源于受威胁贵族与新兴中产阶级之间的强大张力。绝对王权国家在十八世纪欧洲的形成实际上是“受威胁贵族的新政治保护壳”。安德森(Perry Anderson)指出:“整个近代早期的政经统治阶级跟中世纪的一样——都是封建的贵族。贵族在中世纪结束之后的几个世纪经历了深刻的转型，但是从绝对王权国家历史一开始到结束，贵族从未离开过政治权力核心。质言之，绝对国家只是封建统治体制的再发展与回笼……一开始时它是被设计用来钳制压抑广大农民，目的是让他们留在传统的社会阶级中。”
清帝国与商业地主阶层精英的联盟因此与欧洲的统治阶级形成了强烈对比。清帝国继承了前明朝整个国家体制与科举制度，成功地建立与地主和商业精英的合作关系。这些精英们不但认同清朝这个国家政权，还积极地为清政权的统治正当性辩护。他们可说是建立大清帝国意识形态的建筑师（艾尔曼）。
从十六至十八世纪，在欧亚大陆上的清代中国、印度蒙兀儿王朝、奥斯曼帝国与俄罗斯帝国占据欧亚大部分领土。这些庞大帝国的政治精英们面临幅员辽阔的领土中日渐复杂的问题。清王朝在巩固了中国疆域后，所统治的新征服的领土增加一倍，人口也剧增一倍左右。清王朝大规模境内人口迁徙、地方与中央精英间的高度社会阶层流动，还有与蒙古、西藏、新疆之间复杂的族群关系，使得一个前工业化商业社会更加复杂化。清廷还得要处理沿岸与欧洲、日本、南亚与东南亚各地的商人间日益扩充的贸易往来。就是说，在一八○○年之前，清廷已经面临来自政治、经济与外交的各种难题挑战。欧亚大陆上这些靠土地税收来维持经营帝国运转的前工业化领土国家所面临的问题是极为相似的。清代中国由于幅员辽阔，其类似问题之规模及复杂度也相对增加。另一方面，近代早期欧洲的绝对王权国家却形成一组激烈争夺有限资源的敌对政权。他们对美洲大陆的殖民与掠夺突破了资源的瓶颈，同时也加强了其对南亚与东亚贸易的需求量。结果，近代早期的世界逐渐联系成了一个互相冲突呼应的系统。
但就文化面来说，西学在中国第一阶段的活跃交流之后，到底后续如何发展呢？清帝国的知识精英们不但赋予整个官僚体系管理食物供给、粮草运输、水利工程与征收税赋的能力，更关注清朝统治的合法性与象征性的历史议题。其中许多知识分子在思考如何回应挑战这个清帝国种种关于领土、法律与仪式的技术性问题。清廷的国家精英则更专注于高层次的权力合法性问题：如何重新建构一套国家正统来打破汉族与蛮族间的区别、中国与非中国领土的疆界、中国与西方知识信仰的歧异。这套正统重构的象征力量不但对国家精英与朝廷间的合作关系起巨大的作用，它还是项重要的指标，显示众多地方精英对朝廷内外政治权力的追逐已经形成一股潜在不稳定的势力。在这样的情况下，清廷的国家精英怎么能够对耶稣会士所带来的庞大资讯置之不理？
当然没有。在西学第一阶段中扮演文化中介角色的耶稣会士，在第二阶段时大部分都消失了。天主教教会先后在一七○七年与一七一六年派遣了两位罗马教皇特使来停止当时在中国对祭典祭孔与祖先崇拜的无休止争论。不幸的是，他们两位都分别失败了。而在康熙皇帝死后，继位的雍正皇帝在一七二二年后对耶稣会士采取严峻的手段。除了那些留在宫廷中且被视为尚有用处的传教士外，中国的传教活动基本上完全停摆。欧洲的教皇克莱曼十二世于一七三五年写了一封措辞强烈的信来重申他坚决禁止中国祭典的立场。尽管中国的传教任务遭受惨败，教皇本笃十四世仍在一七四二年发布最后但同时也是最严厉的对中国祭典谴责的教廷文件Ex quo singulari。当然这只有加重对耶稣会士的打击，而对中国完全没有任何影响力。另一方面，在欧洲的耶稣会士也在一七五○年后急剧没落，最后耶稣会士在一七七五年被解散。
耶稣会士作为中西文化交流的积极中介角色消失了，这同时也意味着清代的经师文人可以比较平心静气地思考选择西学的内容。虽然清廷的国家精英自十七世纪起就使用西学这个名词，但是这个词的意义及其使用的语境在十八世纪却有戏剧性的转变。日本与美国的学者，如薮内清与席文(Nathan Sivin)都同意，挪用耶稣会士的天文学的程度取决于耶稣会士与清廷国家精英的意图。循着薮内清的说法，桥本敬造进一步解释明末清初国家精英对耶稣会士天文历算知识的挪用，导致了官方编纂之大部头天文历算参考书《数理精蕴》与《历象考成》分别于一七二三年与一七二四年出版。许多后来的考证学家(在清代文人间称为汉学家)均曾学习这些官方版本的天文历算知识。艾尔曼恰当地指出，胡适与薮内清都强调考证学派着重于对文本的探求而疏于对自然界的认识。虽然艾尔曼认为胡适与薮内清过分强调这种文本主义对天文历算在清代中国发展的限制，但他基本上同意考证学派具有文本主义的偏见。艾尔曼并提出了考证学派天文历算研究如何地在其学派的论述笼罩之下持续发展。笔者认为艾尔曼所提供的这种评价太过温和，我们应当需要从新的史料中找出更有力的证据来驳倒胡适与薮内清的说法。
耶稣会士走了，但是他们留下一笔可观的文献资料。这批资料首先被宫廷御用学者仔细研究过，接下来又被吸纳进一种称为“汉学”的历史考证学运动中。在苏州的汉学家主张古代帝国时对五经的诠释保存了中国古代的真实意义。这些汉学家认为宋儒暗地将佛教与道教的教义纳入对儒家古代经典的诠释。因此苏州的汉学家将清帝国的程朱正统贬低成为建立在一个源起于宋朝的学派而已，而这个国家正统的根基（宋学）竟是靠佛教与道教的元素才能自圆其说。他们并不认为以宋学为主的清帝国程朱正统本身足够代表中国古代圣贤们的真正价值。另外一群来自常州的汉学家根据今文经来回应法制变迁与疆土扩充的问题。常州的汉学家尝试以解决内／外（地理政治的）、汉人／非汉人（文化的）与正统／异端（政治的）间的区分，来重新铸造大清帝国统治的正当性。扬州的汉学家们，是最具有世界主义倾向的经师文人，也对上述种种关于清帝国的正当性议题提出他们的解决方案。他们使用了大量来自西学的天文历算知识来诠释儒家的古代经典。笔者认为扬州的经师文人与苏州、常州的最大不同之处即在于他们将耶稣会士科学吸收同化入他们对古代经典的诠释。
许多苏州、常州、扬州的专门汉学家，如钱大昕、庄存与、刘逢禄、毕沅和阮元都登上全国性精英的高位，并不时要面对种种清帝国正当性议题的挑战。虽然他们各自汲取不同部分、甚至互相冲突的古代经文，但是我认为他们都属于广义下的“世界主义式的儒家思想架构”（cosmopolitan Confucianism）。如前所述，笔者把这些全国性精英的思想架构与他们对清政权合法性的支持联系起来。但这并不表示这些全国性精英对清帝国的合法性基础以及其权力之运作与分配有一致的共识。事实上，许多苏州、常州和扬州的专门汉学家在十八世纪后半期清楚地站在权臣和的对立面，并希望对帝国权力的分配有所改革。笔者所谓的“世界主义式的儒家思想架构”正是这种对帝国权力制衡的意识形态，也是指在中国从前工业领土国家转变成现代民族国家之际的前夕，一种新的文化普同主义。孔复礼(Philip Kuhn)比较恰当地将这种关于清帝国正当性的议题追溯为从清帝国到现代国族国家(nation-state)过程中的“权力合法性的危机”。虽然孔复礼并未研究十八世纪末这些全国性精英的学术思想与政治性格，但汪晖在《现代中国思想的兴起》中讨论了许多代表性人物，很能说明孔复礼所指出从十八世纪清帝国正当性议题的挑战到十九世纪清帝国权力合法性的危机的延续性。
从学术社群发展的角度来观察，专门汉学家的学术社群可上溯到明清转型。至乾隆初年时，汉学家的学术社群已然成形。戴震于一七五五年逃亡至北京，前去拜访钱大昕，立即受到钱大昕的赏识。戴震的《天文历算名物制度之学》立即受到当时在京师“通经汲古”的一批新科进士的推重与鼓励。就此契机，戴震那种高度统合式的经学便在清朝的国家精英间推广讨论起来。这一个历史的巧合同时也成为“西学”改头换面的巨大转折点。戴震的自然哲学体系，可以说是在学术意义上，第一位严密地架构起“世界主义式的儒家思想逻辑”的系统。当然，研究戴震的自然哲学体系的架构并非对戴震一人之学术思想研究，而是对从戴震到“阮元学圈”的学术开展进程的研究。阮元学圈于一七七○年后的兴起，在学术层次上乃是延续拓广戴震开出的典范；在政治层次上乃是沿着对抗和的轴线所发展出来的社群。余英时用典范概念来解释清代思想史，相当具有启发性。我们可以将阮元学圈的兴起与其经典诠释理解为一种维持“世界主义式的儒家思想架构”的典范，同时支持清帝国正当性的学术视野，但又对抗和派系的一个学术与政治的社群。
戴震仔细解读古代的经文之后，从经文的个别诠释中开发出各个学术领域，如数学、天文学、历史地理学、音韵学、自然科学（研究植物、动物与生物）、古代技术、古代政治体制与仪式器物、仪式程序、文字学、伦理哲学等等。为了达到这样广博的知识探究，戴震吸收西学用来当作注释经典的工具，但却设法避免以佛教与道教的思想去解释原始儒家经典。举例而言，戴震假设天体（如日、月、五行星与恒星）运行的知识不但古人知悉，戴震同时代的人也应该知晓。古人对字的念法当代的人也应该知道，因为古人与当代人发声的状态并无二致。只要记录得正确，古人穿衣的样式与在宫廷或家中举行的政治暨祭祖仪式都应该被当代人重新再现。古代经典中记载的驿道与地理，也可以经由国家的土地勘查测量一一重新描绘在当今的领域版图上。换言之，古今的万物造化、天体运行、文字语言、典章制度、地理风水，以及人情世俗等，都应该有一套客观永恒的模式与解释。这就是一种戴震版的“通经致用”。
戴震的风格昂立于十八世纪中国学术地景的高处有以下两个主要理由：首先，戴震超越了一般汉学家对正统道德哲学怀疑争辩的方式，他并不像其他汉学家只专注于辨识经文段落的真伪。这就是说，戴震不只从事训诂考证式的文本主义，他还研究如何对宇宙的、自然的与人造的物体做精确与量化的描述，因此可称为“客观科学”的诉求。其次，虽然戴震也跟他同时的人一样对古籍有浓厚的兴趣，但是他却不只为研究古籍本身而研究。戴震反而是借由他对古籍的研究而揭示了从古至今“天地人（cosmopolis）”运作的共通规律。基于戴震对儒家经典的重新诠释，他构想了一个适用于古今中外“天地人”的理想系统，一种具有客观精神的儒家式终极理想。追求这种学术与理想同时孕育着一个方法论的革新：首先是“由字同词，由词通义，训诂明而后义理明”的考证学路线，其次是“道寓于器，而后长存。舍乎器，何以知礼乐”的经验研究路线，最后是天文历算、名物度数、典章制度等的综合归纳路线。戴震的体系基本上有效地开启了这三种治经的方法论。
戴震的体系可以清楚地在《四库全书》以及“阮元学圈”内找到呼应、承续和对话。事实上，《四库全书》天文历算部分乃是清廷知识精英“节取”第一阶段西学的各式书籍并将其纳入汉语高层文化的努力。《四库全书》编译人员仔细清楚地将耶稣会士的天文历算联系到汉语传统本身内的技术词汇，甚至将部分耶稣会士的天文历算用语重新命名使之一一对应到传统的技术词汇里。在《四库全书》编纂人员的集体策划下，第一阶段传入中国的西学被分类并归入四部系统的两个阶层。第一层天文算法类被收编为子部。第二层的杂学被收在只保存目录而无内容的杂家类存目，乃是一种无法分类的混合体，是子部下的一个分项。这种分法是将无法分类的分成一类。《四库全书总目提要》有清楚的说明：
黄虞稷《千顷堂书目》，于寥寥不能成类者，并入“杂家”。杂之义广，无所不包。班固所谓，合儒墨兼名法也。变而得宜，于例为善，今从其说。以立说者谓之“杂学”；辩证者谓之“杂考”；议论而兼叙述者谓之“杂说”；旁究物理胪陈纤琐者谓之“杂品”；类辑旧文涂兼众轨者谓之“杂纂”；合刻诸书不名一体者谓之“杂编”。
根据《四库全书总目提要》的分类法，价值最高的耶稣会士天文历算作品，是可以用来注解发明古代经典中“天”的实像。其次，耶稣会士许多“天儒合一”的著作，则清楚地被判定为杂学，也就是无法分类的混合体。更等而下之者，许多耶稣会士的传教文献被斥为异端，根本被摒除于四库全书之外。《四库全书》以降的学者，在采用耶稣会士的著作时，便有了可靠的官方标准。
《四库全书》的分类法更使得江南经师文人能够持续不断地厘清所谓的“中法”与“西法”的界限与其各自的内容。“天文算法类”中的书，若非是对儒家古代经典诠释有用，就是由皇帝高官编成的官方著作。这其中有一个集体潜意识的“偷天换日”过程。首先，《四库全书》编译人员将耶稣会士的天文历算中的技术词汇解释为汉语传统本身内的对应词汇。接着，江南经师文人便发起了“正名”运动，将耶稣会士的天文历算中的技术词汇仔细考证后，分析出其天文算式的功能和用法，然后重新从古代经典中找出相对应的传统技术词汇，予以“正名”。结果就是将耶稣会士的天文历算层层内卷并吸纳为经典诠释的工具。“正名”运动除了政治效应外，也肩负了儒家学术与道德的双重任务：三代以下，礼崩乐坏。儒者必须负起责任，恢复周公治礼作乐的规模，就算必须“礼失求诸野”也在所不惜。因此，求诸于耶稣会士的天文历算的目的，最终是要回到三代以上的礼乐中国。
从戴震到“阮元学圈”的“世界主义式的儒家思想架构”更可以在科学史的研究中找到例证。编于一七九五至一八一○年的《畴人传》清楚地展示了这种将中法与西法区别开来的策略。洪万生与刘钝仔细分析了与《畴人传》编纂关系密切的“谈天三友”：焦循、李锐与汪莱。“谈天三友”及其友朋间所形成的学圈里，除了不断提升天文历算的水平外，也有意识地将中法置于西法之上。不愿迁就这种趋势的汪莱，便冷漠地被忽略了。笔者认为，“谈天三友”与江南经师们区分中法与西法的天文历算不过是四库全书天文算法类做法的一种延伸，以区分正统与非正统的西学。耶稣会士的天文历算中能够和传统技术词汇结合的便是中法，要不然就是西法。如此一来，戴震“世界主义式的儒家思想架构”，不但具体表现在《四库全书总目提要》天文算法类的说明里，也变成了阮元学圈重新组织耶稣会士的天文历算与再创作的知识泉源，更是他们编纂从古至今、绵延不续之《畴人传》的基础。这就是第二阶段的西学在盛清学术思想脉络里最重要的功能与意义。