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环境DNA(environmental DNA,eDNA)是指生物释放到水、空气及土壤等环境中的短DNA片段。这些eDNA可能来源于生物体表皮细胞经皮肤、尿液、粪便、粘液等释放到环境中的胞内DNA,或者是细胞死亡后裂解释放到环境中的胞外DNA。与传统调查方法相比,环境DNA调查法具有准确率高、对资源和环境友好、稀有种易检测、非入侵式调查等优点,近年来已在重现古生物群落演替、物种监测及预测、生物多样性调查和种群动态研究等诸多方面得到较为广泛的应用。通过对环境DNA特性、检测方法以及在水生生物多样性调查中的应用及应用中存在的不足等进行了综述,以期为进一步开展环境DNA检测提供有益的借鉴。