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糯扎渡自然保护区地处云南省南部低纬地区热带北缘与南亚热带过渡地带,生物多样性丰富,是周边地区的生态安全屏障和经济发展的物质基础。保护区的建立使野生动植物资源得到有效保护,但保护区的生物多样性保护管理工作仍面临许多困难和问题,保护区管理体制不完善、保护经费不足、对林地的蚕食、人为活动频繁、野生动物危害损失补偿低、电站建设带来的影响等问题,依然困扰着保护区的进一步发展。健全管理体制、加大资金投入、加强宣传和保护管理、注重人才培养、积极开展科研监测活动,是保护区生物多样性和生态环境得到进一步保护和恢复的当务之急。