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目的探讨深部真菌感染医院感染的临床调查及其感染菌株的耐药性现状分析。方法选择我院2011年1月~2014年5月发生深部真菌感染的住院患者60例，对以上患者的基础疾病、感染部位、感染真菌类型、治疗结果及感染菌株耐药情况进行总结分析。结果深部真菌感染多由大量使用抗生素，医源性介入、插管等器械导致交叉感染或接种导致，感染患者死亡率较高，其深部真菌医院感染患者的临床感染真菌菌株类型多为白色假丝酵母菌、热带假丝酵母菌及光滑假丝酵母菌为主，经耐药性试验得出，以上深部真菌感染病原菌对于制霉菌素、咪康唑及酮康唑的耐药性较强。结论在往后的临床医疗工作中应给予足够的重视及制定较为有效的措施对此进行预防及干预性治疗。