【摘 要】
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目的 探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律. 方法 按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DF
【机 构】
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云南省地方病防治所,云南省自然疫源性疾病防控技术重点实验,云南公共卫生与疾病防控协同创新中心,云南大理671000;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制国家重点实验室
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目的 探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律. 方法 按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+ CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇. 结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异. 结论 家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果.
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