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国家十一五重大科技专项，已于2012年完成项目验收，十二五项目正在进行项目验收。通过前期参与本单位所承担的十一五十二五重大专项的财务验收，并结合本单位科研经费管理的实际，本文试从科研经费的制度管理、预算编制、预算执行、会计核算、资产管理、财务验收等六个方面，分析事业单位在科研经费管理中存在的问题，探讨如何进一步加强事业单位的科研经费管理。