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从蛋白质一级序列抽取蛋白质结构域信息建立结构域特征向量，使用结构域特征向量训练基于高斯径向基核的支撑向量机，用5折交叉验证对支撑向量机参数网格寻优，然后用最优化参数训练得到蛋白质相互作用预测器。结果表明：预测器的交叉验证ROC曲线下面积达到了85．49％，可以有效预测拟南芥相关的蛋白质相互作用。