近红外光谱结合支持向量机对STR基因座的化学模式识别分型

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利用近红外光谱(NIRS)结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了微卫星(短串联重复序列,STR)的分型方法。以D16S539基因座的10-10、10-11和11—113种不同基因型为例,研究了包含该多态性位点的脱氧核糖核酸(DNA)片段的聚合酶链反应(PCR)扩增条件和NIRS检测条件,建立了标准化扩增条件和检测条件,以此条件获得了基因分型的标准物及其标准NIRS。以标准光谱为识别变量,建立该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,并对少样本数表现出良好的稳定性,模型预测率100%。该方法
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