2009年8月，国务院正式批准《横琴总体发展规划》。按照《规划》的部署，未来横琴新区将以合作创新和服务为主题，充分利用横琴邻近澳门的优势，在推进粤港澳紧密合作中发挥制度创新、先行先试的先导作用，把横琴建设成为“一国两制”下探索粤港澳合作新模式的示范区、深化改革开放和科技创新的先行区、促进珠江口西岸地区产业升级发展的新平台。
　　澳门大学横琴校区是澳門特区参与横琴开发设立的首个项目。为了实现澳门大学在澳门特区以外的土地设立新校区的设想，从项目筹备开始，就在中央政府支持下采用了创新的方式。
　　首先，由全国人大授权，澳门特区政府以租赁的方式取得珠海横琴澳门大学新校区的土地使用权，以此很好地解决了因澳门土地稀缺，澳门大学发展受限的问题。
　　其次，由全国人大授权澳门特别行政区对澳门大学横琴校区依照澳门特区的法律实施管理。这项授权保障了澳大新校区在启用之后，无论在课程设置、教学研究、信息流通、对外交流以及教员和学生的活动等方面，享有和澳门特区内一样的权利和自由，可以完全依照目前的办学模式进行管理和运作。
　　横琴岛的开发，为澳门经济适度多元发展提供了新的空间和机遇。澳门特区和广东省两地在产业合作方面也正在探索新的模式。由粤澳双方合资组成公司共建中医药科技产业园，合作模式确定为“横琴出地，澳门出资，共同规划，共同投资，共同经营，共同收益”。产业园的目标定位是建设成一个中医药研发基地，打造中医药科技与产业发展平台。筹建中的中医药科技园，将实行两地资源在比较优势上的结合。
　　这样的合作方式也是一项新的尝试，对于粤澳未来更多的产业及其他方面合作具有启示作用和意义。